Tại các trang trại bò sữa, việc xử lý chất thải để bảo vệ môi trường luôn được đặt lên hàng đầu, Vinamilk rất nghiêm ngặt và khắt khe trong việc tuân thủ và thực hiện các biện pháp quản lý và xử lý chất thải, trong đó tất cả các Trang trại chăn nuôi đều được đầu tư hệ thống xử lý chất thải hiện đại, hoàn chỉnh và khép kín.

Phân trong chuồng bò được thu gom tự động bằng hệ thống máy cào phân, hoạt động theo chu trình cài đặt phù hợp với quy mô từng chuồng nuôi. Từ các máy cào phân, phân được gom xuống mương phân kín, dẫn về các hố thu và bơm tập trung về khu vực tập kết. Các nguồn nước thải hữu cơ khác cũng được vận chuyển về đây để xử lý. Tại khu xử lý trung tâm, phân được bơm tới các máy tách để tách phần rắn và phần lỏng từ đó có các phương pháp xử lý phù hợp.

Lượng phân rắn được trang trại tái sử dụng bằng cách ủ hoai phân chuồng (áp dụng theo công nghệ ủ phân từ Nhật Bản), mô hình ủ phân này để chuyển hóa phân thải thành nguồn dinh dưỡng hữu cơ để thay thế cho chất hóa học và phân bón vô cơ. Trong đó, phân hữu cơ ủ hoai mục dược tạo ra mang lại hiệu quả cao:

• Cải thiện cấu trúc, độ phì của đất: tăng hàm lượng dinh dưỡng, cung cấp chất mùn cho đất, cân bằng vi sinh vật trong đất, tăng khả năng lưu giữ nước, chống rữa trôi và xói mòn đất
• Giảm biến đổi khí hậu: giảm phát thải khí metan và oxit nito từ quá trình phân hủy chất thải, đồng thời giảm lượng phân bón vô cơ.

Phân lỏng sẽ được xử lý tại hồ Biogas công suất lớn, đảm bảo xử lý yếm khí trong thời gian đủ để phân hủy các hợp chất sinh học phù hợp, sau đó qua nhiều công đoạn như sục khí, bể lắng cặn, lọc, tách cặn để có thể tái sử dụng.
Năng lượng tái tạo sinh ra từ hệ thống biogas cũng được sử dụng lại cho các nhu cầu hoạt động sản xuất khác trong trang trại: thanh trùng sữa cho bê, nấu nước nóng sinh hoạt, sấy khăn và quần áo, sấy cỏ khô.